Tienen su sede en el Estadio Francisco de la Hera, con capacidad para 10.181 espectadores, que sustituyó al antiguo estadio del mismo nombre que se encontraba en el recinto. Su nombre se debe al histórico presidente del CF Extremadura, que perdió por 3-0 ante el Real Betis en el partido inaugural en el estadio actual.
Se fundaron en 2007 y se convirtieron en el principal club de la región de Extremadura en 2010, cuando CF Extremadura se retiró.
2018/19 marcará la primera campaña de Extremadura UD en LaLiga 1|2|3. El club selló el ascenso a la segunda división al obtener lo mejor de dos grandes nombres, el FC Cartagena y el CD Mirandes, en los playoffs de la Segunda B.
Enric Gallego es uno de los principales hombres del club. Después de unirse en la ventana de transferencia de invierno 2017/18, el led delantero desde el frente y encabezó la carga para ayudarles a llegar a LaLiga 1|2|3.
Otra de sus figuras clave es Juan Sabas, que fue el arquitecto de la promoción del club. Tras haber sido nombrado sexto con el Extremadura UD a falta de dos partidos para el final de la temporada regular, el entrenador lo guió a la victoria. Mérida AD y Betis Deportivo (el equipo de reserva del Betis) para asegurar el lugar en el playoff final. El resto es historia y ahora dirigirá el club de LaLiga 1|2|3.